O Colégio São José foi o primeiro estabelecimento fundado no Brasil pelas Irmãs Franciscanas da Penitência e Caridade Cristã da Terceira Ordem Regular de São Francisco de Assis. Procedentes da Alemanha, chegaram em São Leopoldo no dia 2 de abril de 1872. As Irmãs foram alojadas numa casa com uma porta e duas janelas, com quatro peças em chão batido.
No dia 5 de abril, já iniciaram as aulas com as primeiras 23 alunas, numa sala com três velhos bancos.
Esta é considerada como a data de fundação do Colégio São José.
Com donativos da casa de origem, na Europa, e outros auxílios, as Irmãs foram alugando prédios, reformando-os e fazendo novas instalações.
O Encerramento do ano letivo de 1873 foi no salão da Sociedade Orpheu, pois o Colégio não comportava as 120 alunas matriculadas.
Em 1884, quando o Colégio já estava localizado ao lado da Igreja Matriz, começou a receber alunas do Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Santa Catarina, Uruguai e Argentina, de modo que, em poucos anos, a Escola já contava com 137 alunas internas e muitas externas.
Durante seus primeiros 50 anos, o Colégio São José funcionou às margens do Rio dos Sinos, ao lado do Ginásio Conceição, dos Padres Jesuítas.
No ano de 1923 ocorreu a mudança das margens do Rio dos Sinos para a Colina do Monte Alverne, onde está atualmente. O novo São José, rodeado por muito verde e belas paisagens, surgiu das adaptações feitas no prédio onde funcionava o Sanatório Santa Elisabeth, transferido para o prédio ao lado.
Aos poucos, a construção foi sendo ampliada com novos pavilhões para acolher a juventude cada vez mais numerosa.
Assim, o grão de mostarda, semeado pelas primeiras Irmãs que vieram ao Brasil a serviço da Educação das crianças e da juventude, deu início ao Colégio São José que, sustentado pelo “Deus Proverá” de Madre Madalena Damen, lança suas esperanças e seus frutos para a sociedade.
