O Grêmio Estudantil tem por finalidade congregar e representar o corpo discente em seus interesses, promovendo, incentivando e oportunizando a integração entre os alunos, bem como estimular o interesse pela sua formação e pelo exercício da cidadania.
A organização, o funcionamento e as atividades do Grêmio Estudantil são estabelecidos de acordo com seu estatuto, vinculados à filosofia franciscana e a Proposta Pedagógica do Colégio.
A Associação de ex-alunas do Colégio São José foi fundada em 18 de novembro de 1949. Em 2001, a Associação foi reativada e, entre outras atividades, colaborou de forma expressiva na organização e montagem do Museu Histórico do Colégio, através da doação de materiais como: recortes de jornais, boletins, fotos, etc.
À frente da Associação estão Silvana Wingert, Alexandre Bergamo e Luciano Lawisch.
